Neben seiner Lehrtätigkeit forderte Vischer wenige Jahre später die Politik: Mehr aus Pflichtgefühl denn aus Ehrgeiz wurde er zum Abgeordneten der Linksdemokraten in der Nationalversammlung in der Frankfurter Paulskirche und war am Stuttgarter Rumpfparlament 1849 beteiligt. Dieses Engagement sowie seine mit Verve geführten Auseinandersetzungen mit dem Pietismus waren seiner Stellung in der Tübinger Gesellschaft wenig zuträglich, was ihn 1855 zum "Auswandern" an das Polytechnikum Zürich bewegte.
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