Aus Sorge vor Zerstörung wurden im Verlauf des 2. Weltkrieges viele Institute der TH aus Stuttgart evakuiert. Als 1945 die Waffen schwiegen, war die TH zu 75% zerstört. Luftfahrttechnische Forschung wurde vom Alliierten Kontrollrat fast vollständig verboten. Sie musste angemeldet werden und war der ständigen Kontrolle durch die Alliierten unterworfen.
Die Entnazifizierung war noch nicht beendet, als die TH im Februar 1946 Forschung und Lehre schon wieder aufnahm. Das Flugtechnische Institut (FIST) und die Forschungsanstalt Graf Zeppelin (FGZ) wurden 1946 in die Bauforschungsanstalt an der Technischen Hochschule Stuttgart umgewandelt.