Die Modellierung der dynamischen
Eigenschaften komplexer biologischer Makromoleküle am
Institut für Technische Biochemie erfordert ein großes Maß
an Rechenleistung. Die Modelle werden eingesetzt, um die
Ursachen für Erkrankungen auf molekularer Ebene zu
untersuchen und mit Hilfe des Computers neue Wirkstoffe und
Katalysatoren für biotechnologische Anwendungen gezielt zu
entwickeln.Forschung auf molekularer Ebene
Der vom Bundesministerium für Bildung und Forschung
geförderte Stuttgarter BioCORTEX-Cluster (Biology by
Computational Research Tools and Experiments) wird
ausschließlich zur Bearbeitung biotechnologischer und
medizinischer Fragestellungen eingesetzt. Im Mittelpunkt
steht die Frage, wie die Eigenschaften von Proteinen von
ihrer Sequenz abhängen und wie sie sich gezielt ändern
lassen. Das enorme Potential an Rechenleistung versetzt die
Wissenschaftler in die Lage, auf einer molekularen Ebene
Fragestellungen zu bearbeiten, die aufgrund ihrer
Komplexität weltweit bislang nur von wenigen Forschergruppen
angegangen werden konnten: warum ähnliche Proteine
unterschiedliche Eigenschaften aufweisen, wie es Bakterien
schaffen, resistent gegen ein Antibiotikum zu werden, oder
warum ein Medikament von verschiedenen Patienten
unterschiedlich abgebaut wird.
Daten zum BioCORTEX-Cluster
Der BioCORTEX-Cluster besteht aus 128 Rechnerknoten mit
jeweils zwei AMD Athlon MP1800+Prozessoren, die mit dem
Myrinet2000 Hochgeschwindigkeitsnetz miteinander verbunden
sind. Der Cluster verfügt über einen verteilten
Hauptspeicher von 128 GigaByte; zur Datenspeicherung ist er
mit zwei TeraByte lokalem und zehn TeraByte verteiltem
Festplattenspeicher ausgestattet. Die Rechenleistung nach
dem Linpack-Benchmark beträgt 478 GigaFlops, die
theoretische Spitzenleistung 785 GigaFlops.
KONTAKT
Prof. Dr. Rolf D. Schmid, Dr. Jürgen Pleiss, Institut für
Technische Biochemie
Tel. 0711/685-3191, Fax 0711/685-3196,
e-mail: Juergen.Pleiss@po.uni-stuttgart.de
www.itb.uni-stuttgart.de,
www.top500.org.
